針對集水區(qū)進行有效管理有許多優(yōu)點。通過減少水源污染，從而減少了需要處理的環(huán)節(jié)，也會減少水處理產(chǎn)生的副產(chǎn)物并降低運行成本。 

１）有害物的識別
      了解原水水質(zhì)變化的原因非常重要，因為它將影響對水處理工藝的要求、處理效率以及最終產(chǎn)出飲用水的健康危害性。通常，原水水質(zhì)受天然因素和人為因素兩方面的影響。重要的天然因素包括野生動植物、氣候、地形、地質(zhì)和植被等情況。人為因素包括點源（如廢水排放）和非點源（如地表徑流）。例如，市政廢水排放是病原體的重要來源；城市徑流和家畜養(yǎng)殖可以帶來大量的微生物污染；人類休閑娛樂活動可以是糞便污染的來源；以及含有農(nóng)用化學品和肥料的農(nóng)業(yè)徑流，這些都可以增加水處理工作的難度。
      不論是從地表還是從地下取水，重要的是要了解當?shù)丶畢^(qū)或地下含水層的特征，并要識別引起水污染的根源并加以管理。集水區(qū)可能造成污染的活動能減少到什么程度，會受到水源競爭以及集水區(qū)開發(fā)壓力的制約。然而，在土地利用和有害物控制上采用合適的操作往往是可行的，而不必嚴格限制一些活動。在各利害相關(guān)者之間開展合作可能是一種很有力的措施，既可以減少污染又不會減少發(fā)展的效益。
       水資源和水源保護是保護飲用水水質(zhì)的第一道防線。當集水區(qū)管理工作超出了飲用水供水單位的管轄權(quán)限范圍時，控制措施的規(guī)劃與實施就需要與其他機構(gòu)進行合作。這里包括計劃主管部門、集水區(qū)、環(huán)境和水資源、道路管理部門，處理突發(fā)事件機構(gòu)以及農(nóng)業(yè)、工業(yè)和其他商業(yè)部門，他們的活動都可能影響水質(zhì)。也許在開始不大可能開展水資源和水源保護的所有方面，但應優(yōu)先開展集水區(qū)的管理工作。這樣，能使多個利益相關(guān)機構(gòu)對飲水資源共同負責，評估污染風險，并制訂改進管理工作計劃以減少這些風險。
      從地下深部承壓含水層抽取的地下水，通常在沒有直接污染的情況下，其微生物方面是安全的，且化學成分也比較穩(wěn)定。然而，淺層的非承壓含水層可能受到農(nóng)業(yè)活動排放或滲漏產(chǎn)生的污染（如病原體、硝酸鹽和農(nóng)藥），以及受到當?shù)匦l(wèi)生設施和污水處理（病原體和硝酸鹽）和工業(yè)廢物的污染。

        ２）控制措施

        有效的資源和水源保護包括以下要素：
        ● 制訂和執(zhí)行集水區(qū)管理計劃，包括保護地表水和地下水水源的控制措施；

        ● 保證在制訂規(guī)章時內(nèi)容包括對水資源的保護（土地利用計劃和流域管理），避免潛在的污染活動，并加以強制執(zhí)行；

        ● 提高社區(qū)成員的認識，意識到人的活動對水質(zhì)的影響。
       當有多個水源可以利用時，可以靈活地選擇用哪個水源來處理和供水。這樣就可以避免從質(zhì)量不好的河流中取水（如大雨之后），以減少風險并防止在后續(xù)處理過程中可能出現(xiàn)的問題。在水庫中存放的水，由于沉降和滅活作用，包括陽光（紫外線）消毒，可以減少糞便微生物的數(shù)量，但也增加了污染物進入水體的機會。大多數(shù)來源于糞便的病原微生物（腸道病原體）在環(huán)境中不能無限期的存活。實際上腸道細菌經(jīng)過幾周時間將相繼死去。腸道病毒和原蟲存活時間較長（數(shù)周到數(shù)月），但常因沉降作用和與土著微生物的對抗而被去除。水的滯留也使懸浮物沉降，使后續(xù)的消毒作用更有效并減少消毒副產(chǎn)物（ＤＢＰ）的形成。 地下水水源的控制措施應包括保護含水層和鉆孔周圍免遭污染，并保證鉆孔的完整（地表面加封，套管完整無損等）。